
Una de las dudas más comunes entre contribuyentes y profesionales es si una factura electrónica puede anularse después de emitida. La respuesta corta es no: las facturas electrónicas no pueden eliminarse ni borrarse del sistema. En su lugar, se debe generar un documento complementario: la Nota de Crédito Electrónica.
Este mecanismo asegura la trazabilidad, evita fraudes y mantiene la integridad del registro fiscal.
¿Por qué no se pueden anular facturas electrónicas?
La lógica detrás de esta restricción es simple:
- Una vez que la factura se envía al Ministerio de Hacienda, queda registrada en la base de datos.
- Borrarla significa alterar el historial tributario, lo cual sería un riesgo para el control fiscal.
- En su lugar, la nota de crédito actúa como una “contrafactura” que neutraliza o corrige el documento original.
Casos en los que se usa la Nota de Crédito
- Anulación total: cliente devuelve el producto o se cancela el servicio.
- Corrección de errores: monto equivocado, CABYS mal aplicado, cédula errónea.
- Descuentos posteriores: se ajusta el precio con nota de crédito.

Proceso de emisión de la nota de crédito
- Seleccionar la factura original.
- Generar la nota de crédito en el software.
- Referenciar el número clave de la factura.
- Enviar a Hacienda para validación.
- Entregar el XML y PDF al cliente.
Errores comunes
- No referenciar la factura original.
- Usar nota de débito en lugar de crédito.
- No informar al cliente.
En Costa Rica no se anulan facturas electrónicas. Toda corrección o anulación debe hacerse mediante una nota de crédito electrónica vinculada al comprobante original.
Este procedimiento protege tanto al contribuyente como al fisco.
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